Sin embargo no tuvo un gran comienzo en la Copa Libertadores 2012, ya que en el primer partido Boca igualó con el Zamora F. C. y en la fecha 2 perdió con Fluminense por 2 a 1. Ya se dudaba la clasificación de Boca a los octavos de final, pero el equipo ganó todos los encuentros que le seguían para clasificar. En semifinales Boca regresó a Chile para ganarle a la U de Sampaoli, llegando a una nueva final de Libertadores tras cuatro años de ausencia.
