Con Paco Flores como entrenador, el club consigue su tercera Copa del Rey en la temporada 1999-2000, el mismo año de su centenario, camiseta fc barcelona en una final disputada contra el Atlético de Madrid (2-1) en el Estadio de Mestalla. Fue ése el primer partido en el que Messi marcó un gol en ese estadio y jugó como falso nueve, después de que Guardiola decidiera que ya no jugaría de extremo y establecerlo como el eje del juego del equipo.
