En el campeonato de 1990, Huachipato terminaría en la última ubicación, siendo relegado y logrando el ascenso al año siguiente, pero finalizando en la misma posición en 1992, retornando a la primera categoría el año 1995, logrando afianzarse hasta la fecha, en la máxima categoría del fútbol chileno. Huachipato se mantuvo sin problemas en la máxima categoría, logrando en el año de 1986 finalizar en la quinta ubicación, igualando en puntos con Cobresal (cuarto), por lo que participó en la Liguilla Pre-Libertadores.
