En 1962 el gobierno de Franco autorizó la segunda recalificación urbanística y acabó con una deuda de 230 millones de pesetas y la más que posible desaparción del club azulgrana. Tras los éxitos de los años 1950 llegó la crisis de los años 1960, en los que el equipo de fútbol ganó 2 Copas del Generalísimo y 2 Copas de Ferias. Estos títulos, sin embargo, no lograron compensar la derrota en la final de la Copa de Europa de 1961 ni la crisis social generada por las marchas de Helenio Herrera y Luis Suárez al Inter de Milán, con los que el conjunto italiano ganaría dos Copas de Europa.